В целях выполнения основных задач Федеральный фонд ОМС:

• осуществляет выравнивание финансовых условий деятельности территориальных фондов обязательного медицинского страхования; 
• разрабатывает и в установленном порядке вносит предложения о размере взносов на обязательное медицинское страхование;
• осуществляет в соответствии с установленным порядком аккумулирование финансовых средств Федерального фонда ОМС;
• выделяет в установленном порядке средства территориальным фондам обязательного медицинского страхования, в том числе на безвозвратной и возвратной основе, для выполнения территориальных программ обязательного медицинского страхования;
• осуществляет совместно с территориальными фондами ОМС и органами Государственной налоговой службы Российской Федерации контроль за своевременным и полным перечислением страховых взносов (отчислений) в фонды обязательного медицинского страхования;
• осуществляет совместно с территориальными фондами ОМС контроль за рациональным использованием финансовых средств в системе обязательного медицинского страхования, в том числе путем проведения соответствующих ревизий и целевых проверок;
• осуществляет в пределах своей компетенции организационно-методическую деятельность по обеспечению функционирования системы обязательного медицинского страхования;
• вносит в установленном порядке предложения по совершенствованию законодательных и иных нормативных правовых актов по вопросам обязательного медицинского страхования;
• участвует в разработке базовой программы обязательного медицинского страхования граждан;
• осуществляет сбор и анализ информации, в том числе о финансовых средствах системы обязательного медицинского страхования, и представляет соответствующие материалы в Правительство Российской Федерации;
• организует в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, подготовку специалистов для системы обязательного медицинского страхования;
• изучает и обобщает практику применения нормативных правовых актов по вопросам обязательного медицинского страхования;
• обеспечивает в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, организацию научно-исследовательских работ в области обязательного медицинского страхования;
• участвует в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, в международном сотрудничестве по вопросам обязательного медицинского страхования;
• ежегодно в установленном порядке представляет в Правительство Российской Федерации проекты федеральных законов об утверждении бюджета Федерального фонда обязательного медицинского страхования на соответствующий год и о его исполнении.